We're Hiring!

Omero.Matlab problem.

General and open developer discussion about using OMERO APIs from C++, Java, Python, Matlab and more! Please new questions at https://forum.image.sc/tags/omero
Please note:
Historical discussions about OMERO. Please look for and ask new questions at https://forum.image.sc/tags/omero

If you are having trouble with custom code, please provide a link to a public repository, ideally GitHub.

Omero.Matlab problem.

Postby colmeirin » Fri Mar 21, 2014 10:49 am

Hi,

I'm triying to work with the Omero.matlab plugin (OMERO.matlab-5.0.0-111-aa409ca-ice34-b3787) in a W7 32 bits system. My server is an OMERO.server-5.0.0-ice34-b19 and it's running in the same machine.

When I try to follow the OMERO Matlab language bindings tutorials I get the following error:

Code: Select all
client = loadOmero('localhost', 4064);
session = client.createSession('root', 'rootpassword');
--------------------------
OmeroMatlab Toolbox
5.0.0-111-aa409ca-ice34-b3787
--------------------------
??? Error using ==> javaObject
Java exception occurred:
java.lang.NoClassDefFoundError:
org/slf4j/LoggerFactory

   at
    omero.util.ObjectFactoryRegistry.<init>(ObjectFactoryRegistry.java:23)
   
   at
    omero.util.ModelObjectFactoryRegistry.<init>(ModelObjectFactoryRegistry.java:27)
   
   at omero.client.init(client.java:397)

   at omero.client.<init>(client.java:290)

   at omero.client.<init>(client.java:277)

   at omero.client.<init>(client.java:231)

Caused by: java.lang.ClassNotFoundException:
org.slf4j.LoggerFactory

   at java.net.URLClassLoader$1.run(Unknown
    Source)

   at
    java.security.AccessController.doPrivileged(Native
    Method)

   at java.net.URLClassLoader.findClass(Unknown
    Source)

   at
    com.mathworks.jmi.CustomURLClassLoader.findClass(ClassLoaderManager.java:754)
   
   at java.lang.ClassLoader.loadClass(Unknown
    Source)

   at java.lang.ClassLoader.loadClass(Unknown
    Source)

   at
    java.lang.ClassLoader.loadClassInternal(Unknown
    Source)

   ... 6 more


Error in ==> connectOmero at 66
client = javaObject('omero.client',
connArgs{:});

Error in ==> loadOmero at 106
    client = connectOmero(varargin{:});


What I'm doing wrong?

Thanks a lot for your time.

Regards.
colmeirin
 
Posts: 16
Joined: Tue Mar 11, 2014 6:16 pm

Re: Omero.Matlab problem.

Postby sbesson » Fri Mar 21, 2014 12:49 pm

Hi,

which version of MATLAB are you using? And what is the output of:

Code: Select all
>> javaclasspath


The error seems to be related to missing SL4J implementation jars but these are usually shipped as part the MATLAB library.

Sebastien
User avatar
sbesson
Team Member
 
Posts: 421
Joined: Tue Feb 28, 2012 7:20 pm

Re: Omero.Matlab problem.

Postby colmeirin » Fri Mar 21, 2014 1:05 pm

Hi Sebastien,

I'm using Matlab r2011a
This is the content of the javaclasspath:

Code: Select all
javaclasspath

      STATIC JAVA PATH

   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\patch                                       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\util.jar                                 
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\widgets.jar                             
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\activation.jar                           
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\activationclient.jar                     
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\agent.jar                               
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\bde.jar                                 
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\beans.jar                               
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\cmlink.jar                               
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\common.jar                               
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\comparisons.jar                         
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\desktop.jar                             
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\download.jar                             
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\fatalexit.jar                           
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\foundation_libraries.jar                 
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\hg.jar                                   
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\hmi.jar                                 
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\ice.jar                                 
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\ide.jar                                 
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\install.jar                             
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\installwizard.jar                       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\instutil.jar                             
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\instwiz.jar                             
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\jmi.jar                                 
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\matlab.jar                               
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\mcrinstaller.jar                         
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\mde.jar                                 
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\mlservices.jar                           
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\mlwebservices.jar                       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\mlwidgets.jar                           
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\mwswing.jar                             
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\mwt.jar                                 
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\net.jar                                 
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\org\netbeans.jar                         
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\org\openide.jar                         
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\page.jar                                 
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\physmod\gui\core\exceptions.jar         
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\physmod\gui\core\fwk.jar                 
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\physmod\gui\core\swing.jar               
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\physmod\gui\core\util.jar               
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\physmod\gui\gfx\viewer.jar               
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\physmod\mech2\gui\editor.jar             
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\physmod\mech2\gui\exceptions.jar         
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\physmod\mech2\gui\gfx.jar               
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\physmod\mech2\gui\importers.jar         
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\physmod\mech2\gui\test.jar               
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\physmod\powersys\drives.jar             
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\physmod\simscape\simscape\editor.jar     
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\physmod\simscape\simscape\preferences.jar
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\product.jar                             
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\services.jar                             
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\studentinstaller.jar                     
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\timer.jar                               
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\bioinfo.jar                     
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\comm.jar                         
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\compiler.jar                     
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\control.jar                     
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\curvefit.jar                     
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\daq.jar                         
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\dastudio.jar                     
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\database.jar                     
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\datafeed.jar                     
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\distcomp.jar                     
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\dsp.jar                         
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\ecoder.jar                       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\eml.jar                         
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\fixedpoint.jar                   
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\geoweb.jar                       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\ident.jar                       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\images.jar                       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\imaq.jar                         
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\instrument.jar                   
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\matlab\audiovideo.jar           
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\matlab\guide.jar                 
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\mbc.jar                         
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\mdldisc.jar                     
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\mpc.jar                         
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\nnet.jar                         
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\opc.jar                         
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\optim.jar                       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\rptgen.jar                       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\rptgencore.jar                   
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\rptgenslxmlcomp.jar             
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\rptgenxmlcomp.jar               
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\rtw.jar                         
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\sdi\sdi.jar                     
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\shared\controllib.jar           
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\shared\scomp.jar                 
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\shared\sigbldr.jar               
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\simbio.jar                       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\simbio_od.jar                   
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\simulink.jar                     
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\sl3d.jar                         
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\slcontrol.jar                   
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\sldependencyanalysis.jar         
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\slestim.jar                     
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\sloptim.jar                     
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\slproject.jar                   
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\stateflow.jar                   
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\stats.jar                       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\systemtest.jar                   
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\testmeas.jar                     
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\timeseries.jar                   
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolbox\vision.jar                       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\toolstrip.jar                           
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\vrd.jar                                 
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\webintegration.jar                       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\wizard.jar                               
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jar\xml.jar                                 
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\dcxjp.zip                             
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\mwjava2specific.jar                   
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\RXTXcomm.jar                         
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\abbot.jar                             
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\access-bridge.jar                     
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\AnimatedTransitions.jar               
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\annotations.jar                       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\ant.jar                               
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\avalon-framework.jar                 
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\axis2\activation.jar                 
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\axis2\axiom-api.jar                   
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\axis2\axiom-impl.jar                 
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\axis2\axis2-adb.jar                   
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\axis2\axis2-kernel.jar               
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\axis2\backport-util-concurrent.jar   
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\axis2\commons-codec.jar               
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\axis2\commons-httpclient.jar         
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\axis2\geronimo-stax-api.jar           
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\axis2\mail.jar                       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\axis2\neethi.jar                     
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\axis2\wsdl4j.jar                     
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\axis2\wstx-asl.jar                   
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\axis2\xml-apis.jar                   
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\axis2\XmlSchema.jar                   
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\batik-anim.jar                       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\batik-awt-util.jar                   
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\batik-bridge.jar                     
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\batik-codec.jar                       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\batik-css.jar                         
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\batik-dom.jar                         
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\batik-ext.jar                         
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\batik-extension.jar                   
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\batik-gui-util.jar                   
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\batik-gvt.jar                         
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\batik-parser.jar                     
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\batik-script.jar                     
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\batik-svg-dom.jar                     
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\batik-svggen.jar                     
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\batik-swing.jar                       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\batik-transcoder.jar                 
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\batik-util.jar                       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\batik-xml.jar                         
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\blpapi3.jar                           
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\commons-cli.jar                       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\commons-collections.jar               
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\commons-compress.jar                 
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\commons-io.jar                       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\commons-lang.jar                     
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\commons-logging.jar                   
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\commons-math.jar                     
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\commons-net.jar                       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\costello.jar                         
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\distcomp\jini2\lib\browser.jar       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\distcomp\jini2\lib\destroy.jar       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\distcomp\jini2\lib\fiddler-dl.jar     
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\distcomp\jini2\lib\jini-ext.jar       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\distcomp\jini2\lib\jsk-platform.jar   
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\distcomp\jini2\lib\phoenix-dl.jar     
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\distcomp\jini2\lib\reggie-dl.jar     
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\dom4j.jar                             
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\dtdparser121.jar                     
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\dws_client.jar                       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\easymock.jar                         
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\felix.jar                             
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\felix2.jar                           
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\fop.jar                               
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\foxtrot.jar                           
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\freehep-export.jar                   
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\freehep-graphics2d.jar               
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\freehep-graphicsio-emf.jar           
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\freehep-graphicsio-pdf.jar           
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\freehep-graphicsio-ps.jar             
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\freehep-graphicsio-svg.jar           
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\freehep-graphicsio-swf.jar           
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\freehep-graphicsio.jar               
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\freehep-io.jar                       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\freehep-swing.jar                     
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\freehep-util.jar                     
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\freehep-xml.jar                       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\geotools\geoapi-nogenerics.jar       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\geotools\gt2-api.jar                 
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\geotools\gt2-coverage.jar             
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\geotools\gt2-main.jar                 
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\geotools\gt2-referencing.jar         
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\geotools\gt2-referencing3D.jar       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\geotools\gt2-wms.jar                 
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\geotools\jts.jar                     
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\glazedlists_java15.jar               
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\gnu-regexp.jar                       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\google-collect.jar                   
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\guice\aopalliance.jar                 
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\guice\guice-assistedinject.jar       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\guice\guice.jar                       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\ice\ib6core.jar                       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\ice\ib6extra.jar                     
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\ice\ib6http.jar                       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\ice\ib6https.jar                     
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\ice\ib6js.jar                         
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\ice\ib6swing.jar                     
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\ice\ib6util.jar                       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\ice\ib6xalan.jar                     
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\ice\icessl.jar                       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\j2ee\jsp-api.jar                     
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\j2ee\servlet-api.jar                 
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\jaccess-1_4.jar                       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\jakarta-regexp-1.2.jar               
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\jaxen.jar                             
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\jdom.jar                             
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\jemmy.jar                             
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\jetty\core.jar                       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\jetty\jetty-naming.jar               
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\jetty\jetty-plus.jar                 
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\jetty\jetty-util.jar                 
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\jetty\jetty.jar                       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\jetty\jsp-2.1.jar                     
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\jetty\jsp-api-2.1.jar                 
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\jetty\start.jar                       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\jfcunit.jar                           
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\jgoodies-forms.jar                   
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\jgoodies-looks.jar                   
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\jide\jide-action.jar                 
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\jide\jide-common.jar                 
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\jide\jide-components.jar             
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\jide\jide-dialogs.jar                 
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\jide\jide-dock.jar                   
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\jide\jide-grids.jar                   
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\jide\jide-shortcut.jar               
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\Jmol.jar                             
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\jox116.jar                           
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\jsch.jar                             
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\junit.jar                             
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\jxlayer.jar                           
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\log4j.jar                             
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\lucene-analyzers-2.0.0.jar           
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\lucene-core-2.0.0.jar                 
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\mwaws_client.jar                     
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\nekohtml.jar                         
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\openxml4j.jar                         
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\protobuf.jar                         
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\rfa.jar                               
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\saxon.jar                             
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\saxon9-ant.jar                       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\saxon9-dom.jar                       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\saxon9-dom4j.jar                     
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\saxon9-jdom.jar                       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\saxon9-s9api.jar                     
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\saxon9-sql.jar                       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\saxon9-xom.jar                       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\saxon9-xpath.jar                     
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\saxon9-xqj.jar                       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\saxon9.jar                           
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\scr.jar                               
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\scr2.jar                             
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\selenium-java-client-driver.jar       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\selenium-server.jar                   
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\spring-beans.jar                     
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\spring-core.jar                       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\sqlite4java\sqlite4java.jar           
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\tablelayout.jar                       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\TimingFramework.jar                   
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\tomcat5\jasper\jasper-compiler.jar   
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\tomcat5\jasper\jasper-runtime.jar     
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\webrenderer.jar                       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\webservices\loginws_client.jar       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\webservices\service_request_client.jar
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\win32\gluegen-rt.jar                 
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\win32\jogl.jar                       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\xercesImpl.jar                       
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\xml-apis-ext.jar                     
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\xmlgraphics-commons.jar               
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\xmlunit.jar                           
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\java\jarext\xstream.jar                           
   C:\Program Files\MATLAB\R2011a\toolbox\javabuilder\jar\javabuilder.jar           

      DYNAMIC JAVA PATH

   C:\Users\my_user\Downloads\OMERO.matlab-5.0.0-111-aa409ca-ice34-b3787\libs\guava-jdk5.jar 
   C:\Users\my_user\Downloads\OMERO.matlab-5.0.0-111-aa409ca-ice34-b3787\libs\omero_client.jar


Regards
colmeirin
 
Posts: 16
Joined: Tue Mar 11, 2014 6:16 pm

Re: Omero.Matlab problem.

Postby sbesson » Fri Mar 21, 2014 4:27 pm

Hi again,

Thanks for the information. I was able to reproduce your bug and it seems to be reproducible for versions of MATLAB R2011a and under. With version 5.0.0, we introduced some dependency on slf4j and this version depedency seems to be incompatible with the version shipped by older versions of MATLAB.

As a workaround, could you try downloading the latest version of sl4j from http://www.slf4j.org/download.html, unzip it and add `slf4j-api-1.7.6.jar` to your Java classpath and check if this would solve the issue?

Sebastien
User avatar
sbesson
Team Member
 
Posts: 421
Joined: Tue Feb 28, 2012 7:20 pm

Re: Omero.Matlab problem.

Postby colmeirin » Fri Mar 21, 2014 5:13 pm

Hello Sebastien,

I've tried your proposed solution but it didn't work.

Any thoughts?

Is this a known bug?

Will it be resolved if I install an omero server 4.4?
colmeirin
 
Posts: 16
Joined: Tue Mar 11, 2014 6:16 pm

Re: Omero.Matlab problem.

Postby sbesson » Sat Mar 22, 2014 7:40 pm

Hi,

no this bug has not been reported yet and we are trying to assess its impact in order to decide actions to take for upcoming 5.x releases.

I found a workaround under MATLAB 2011a for Linux by adding slf4j-api-1.7.6.jar and slf4j-log4j12-1.7.6.jar to the Java class path before initializing the OMERO connection. Could you try something equivalent on your machine and check if it works?

Code: Select all
$ /opt/matlab-2011a/bin/matlab
Warning: No display specified.  You will not be able to display graphics on the screen.

                            < M A T L A B (R) >
                  Copyright 1984-2010 The MathWorks, Inc.
                Version 7.12.0.635 (R2011a) 64-bit (glnxa64)
                               March 18, 2011


  To get started, type one of these: helpwin, helpdesk, or demo.
  For product information, visit www.mathworks.com.

>> javaaddpath('slf4j-1.7.6/slf4j-api-1.7.6.jar');
>> javaaddpath('slf4j-1.7.6/slf4j-log4j12-1.7.6.jar');
>> import org.
>> c=loadOmero(servername);
--------------------------
OmeroMatlab Toolbox
5.0.0-111-aa409ca-ice34-b3787
--------------------------
>> s=c.createSession(user, password);
>> getImages(s)

ans =

omero.model.ImageI[]:
    [omero.model.ImageI]
...
>> c.closeSession


Alternatively, the slf4j dependency is not in the 4.4.x series. So I would expect OMERO.matlab 4.4.10 against a 4.4.x server to work out of the box under MATLAB R2011a.

Best,
Sebastien
User avatar
sbesson
Team Member
 
Posts: 421
Joined: Tue Feb 28, 2012 7:20 pm

Re: Omero.Matlab problem.

Postby colmeirin » Mon Mar 24, 2014 9:00 am

Hi Sebastien.

Your workaround worked perfectly.

Many thanks for your help!

Regards, Javier.
colmeirin
 
Posts: 16
Joined: Tue Mar 11, 2014 6:16 pm

Re: Omero.Matlab problem.

Postby sbesson » Mon Mar 24, 2014 1:43 pm

Hi Javier,

Glad this solution worked, Let me know if you encounter any subsequent issue due to missing JAR files.
Also, I just opened a Pull Request to include these dependencies in the toolbox and load them at startup for older versions of MATLAB. Hopefully this fix will be included in the upcoming releases of OMERO.matlab and simplify the setup of the toolbox.

Best,
Sebastien
User avatar
sbesson
Team Member
 
Posts: 421
Joined: Tue Feb 28, 2012 7:20 pm


Return to Developer Discussion

Who is online

Users browsing this forum: Google [Bot] and 1 guest